生物膜處理系統調試的主要工作就是掛膜。其目的是使具有代謝活性的微生物污泥在處理系統中的填料上固著生長形成對污染物降解起催化劑作用的生物膜。掛膜過程所采用的方法，一般有直接掛膜法和分步掛膜法兩種。

對生活污水、城市污水及城市污水相接近的工業污水，可以采用直接掛膜法。即在合適的環境條件（水溫、DO等）和水質條件（PH、BOD、C/N等）下，讓處理系統連續正常運行，一般需經過七到十天完成掛膜過程。掛膜過程中，宜讓氧化池出水和池底污泥回流。

對不易生物處理的工業廢水，采用普遍生物濾池和生物轉盤。為了保證掛膜順利進行，可以通過預先培養和馴化相應的活性污泥，然后再投入到生物膜處理設施中進行掛膜，即分步掛膜法。具體做法是：先用生活污水或其與工業污水的混合污水培養出活性污泥，將該污泥和適量的工業廢水放入一循環池中，從此池用泵投入生物膜處理設施中，出水或沉淀污泥回流入循環池。待填料表面掛膜后，可以直接通水運行或繼續循環運行，隨著膜厚度的增大，可以逐步增大工業廢水的比例，直至完成掛膜過程。

在各種型式的生物膜處理設施中，生物接觸氧化池和塔式生物濾池，由于具有曝氣系統，且填料量和填料空隙均較大，可以采用直接掛膜法，而普通生物濾池、生物轉盤等適合于采用分步掛膜法。

對于工業廢水掛膜，其中必然有膜狀污泥適應水質的過程，這與活性污泥法培菌過程，即污泥馴化一樣。
  對于多級處理的生物膜處理系統，要使各級培養馴化出優勢微生物，完成掛膜所用的時間，可能要比一般掛膜過程長2-3周。這是因為不同種屬細菌對水質適應性和世代的時間不一樣。